L'Unité-00 est le premier Evangelion à avoir été mené à bien. Son armure est principalement de couleur jaune doré, avec des détails gris et blancs répartis sur l'ensemble de son corps.
Le design de sa tête est assez anguleux et singulier. Elle est dotée d'un seul capteur rouge, sans aucun œil visible. Elle comporte également un dôme vert transparent ressemblant à un capteur (on ignore s'il s'agit réellement d'un capteur) ainsi qu'un autre dôme jaune en forme de tête de vis situé au sommet de sa tête.
Le reste de son armure corporelle est une armure d'Evangelion simple et standard, dépourvue de pylônes d'épaule. Son armure thoracique comprend une pièce en forme de V ainsi que deux pièces arrondies qui bougent avec l'Eva. Il est intéressant de noter que ces deux caractéristiques de l'armure thoracique se retrouvent à la fois sur celle de l'Unité-01 (pièces latérales mobiles) et sur celle des modèles de série (pièce en forme de V).
L’Unité-00 subit une mise à niveau majeure après le combat contre le Sixième Ange, au cours duquel elle a été lourdement endommagée. Elle a également été optimisée pour le combat contre les Anges.
L’Unité-00 modernisée, désignée sous le nom d’« Evangelion Proto Type-00 » (? ????????, D? Shikasu Zerog?ki (Kai)?, littéralement « Même prototype Unité Zéro (révisé) »), est équipée exactement de la même armure que les Evangelions de série, y compris une plaque pectorale en V plus simple et des pylônes d’épaule.
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